巧克力囊肿主要的发病机制为子宫内膜异位病灶，异位到女性的卵巢、盆腔等其他位置。随着月经发生逐渐的增大，并且发生盆腔黏连引起腹痛，以及进行性加重的痛经，由于巧克力囊肿的病灶是受到体内性激素水平影响的，所以当月经期发生疼痛时，可以按照治疗痛经的方法来缓解，可以使用一些孕激素或者是使用一些抑制前列腺素合成酶的药物，比如布洛芬或者是双氯芬酸钠等。另外也可以肌注6个月亮丙瑞林，可以抑制子宫内膜异位症以及巧克力囊肿的生长以缓解疼痛。