卵巢囊肿是不是能够自行消失，与卵巢囊肿的性质有一密切关系。如果是排卵以后形成的生理性的黄体囊肿，在来了月经以后会自行萎缩。如果是病理性的卵巢囊肿，比如巧克力囊肿、畸胎瘤或者是恶性的卵巢囊肿，就不会自行消失了。如果是巧克力囊肿或者畸胎瘤，大于5厘米，及早进行手术治疗。如果怀疑是恶性的卵巢囊肿，也需要进行手术治疗，手术以后做病理检查。