巧克力囊肿手术以后一般需要休息一个月左右，如果身体恢复良好，就可以恢复上班。但是手术以后身体比较虚弱或者有并发症，就应当适当的后延恢复正常作息以及上班的时间。巧克力囊肿手术以后还应当在医生指导下应用药物预防复发，比如亮丙瑞林。这种药物应用以后会影响到内分泌，另外还可能会出现更年期症状，要注意作息规律，适当补钙。