巧克力囊肿手术有两种方式，一种是开腹手术治疗，一种是腹腔镜手术。手术方式不一样，其费用也会有差别。一般开腹手术大约45000元左右，而腹腔镜大约8000元左右。现在临床是多采用腹腔镜卵巢囊肿摘除术。巧克力囊肿是一种常见卵巢肿瘤，是子宫内膜异位症的一种病变，虽然是良性疾病，也有增生、浸润、转移的情况。