卵巢巧克力囊肿在临床上主要是子宫内膜异位症的一种表现，子宫内膜异位症到目前为止病因还不清楚，当具有活性的子宫内膜细胞种植在卵巢局部的时候，随着每次来月经异位症的病灶，在卵巢内也会出现出血的现象。这样就会造成局部形成囊肿。由于出血已经变为陈旧性出血，所以颜色比较深，类似于巧克力的颜色，在临床上发现这种情况，建议及时给予手术治疗。