卵巢囊肿一般通过超声检查就可以发现，小于5厘米的可以定期复查，大于5厘米的基本上就属于病理性的。一般首次发现的可以在下一次月经干净后复查，如果自己消失的属于生理性的。有卵巢囊肿的患者可以检查性激素七项及肿瘤四项，这样有利于区分卵巢肿瘤和黄体囊肿等，也可以进行核磁共振检查，有利于区分囊肿的性质。对于患有巧克力囊肿和畸胎瘤的患者，核磁共振有特异性，通过检查基本可以明确。