巧克力卵巢囊肿属于子宫内膜异位症的一种病变现象，是不会自己消失的。如果是单纯的卵巢囊肿，有的是生理性的，月经过后可能会自己消失。巧克力卵巢囊肿是因为子宫内膜异位到卵巢组织，随着月经周期的反复出血，在卵巢中形成一个或者多个囊肿样的病变，囊肿大小不一定，直径一般在5厘米左右，里面含有暗褐色的陈旧液体。症状轻的巧克力囊肿可以通过药物治疗，有明显腹痛等症状需要手术治疗。