首先需要确定是肝内胆管结石还是肝内钙化斑。二者的区别是前者位于肝内胆管，往往会导致远端的胆管内胆汁引流不通畅从而胆管扩张。后者则位于肝实质内或血管壁上，不需要处理。肝内胆管结石可以引起胆管急性或是慢性炎症，肝脏萎缩甚至胆管癌变，因此应该考虑治疗。但目前无确定有效的药物可以溶解或是排出肝内胆管结石，往往采取手术的方式。如果没有明显的肝脏萎缩目前可以用微创的胆管切开取石治疗，如果有肝脏萎缩，则需要把萎缩的肝脏连同里面的胆管结石一起切除。如果还存在肝门的胆管狭窄，则需要做肝门胆管成型术，必要时行胆肠吻合术。