卵巢生理性的囊肿有可能发生在排卵期，但是也并不绝对发生在排卵期，需要根据囊肿的性质来判断。在排卵期由于体内雌孕激素水平同时降低，所以有可能会出现体积较小的生理性囊肿，这种生理性囊肿在排卵结束后，激素水平逐渐恢复正常后，就会逐渐的自行消失，属于功能性的囊肿。而其他类型的生理性囊肿，比如卵巢滤泡囊肿或者是卵巢黄素化囊肿，则与排卵没有明显的关系。