输卵管囊肿手术是否影响怀孕，需要根据病变程度和手术的方式来确定。如果囊肿来源于输卵管系膜，并没有影响输卵管的功能以及形态，那么切除囊肿后是不影响正常怀孕的。如果囊肿是由于输卵管积液或者输卵管粘连引起的，那么有可能需要切除患侧输卵管，也会影响怀孕。并且即使保留输卵管，也无法保证输卵管功能，需进行输卵管通水确定输卵管通畅后方可怀孕。