输卵管囊肿和输卵管积液有明显的区别。输卵管积液发生的原因是因为输卵管远端梗阻，导致输卵管内的分泌物无法排出，从而积聚形成积液，病变部位是输卵管的管腔。而输卵管囊肿是指的输卵管外部的赘生性囊肿，比如输卵管系膜囊肿，发生的部位是输卵管的管壁而不是输卵管的管腔。治疗方法也有区别，怀孕输卵管囊肿可以进行手术切除，输卵管积液是要解除远端的梗阻。