巧克力囊肿由于子宫内膜异位到卵巢引起的，如果囊肿面积小，是可以怀孕的，而且怀孕后有所缓解，因为怀孕之后没有了月经，巧克力囊肿得不到补充就会缩小直到消失。如果囊肿面积大于5厘米，会影响到输卵管的功能而导致不孕，建议可以选择中药调理或者手术治疗，中药调理比较慢，可以选择腹腔镜手术治疗，如果术后保留的卵巢较完整是不会影响怀孕的，建议休息1-2个月怀孕。