卵巢囊肿进行手术治疗的指征是：囊肿持续存在超过3个月，同时体积较大，大于5厘米，或者囊肿生长速度很快，或者出现了囊肿破裂、蒂扭转等急腹症的情况。可以通过开腹或者腹腔镜，实行卵巢囊肿剥除术，穿刺囊肿、抽出囊液、注入药物后使囊肿萎缩变小。如果囊肿癌变，可以进行患侧卵巢切除术或者全子宫加双附件切除术，术后配合放化疗来防止复发。