患者如果目前需要进行试管婴儿，卵巢囊肿是否影响移植，需要判断囊肿的性质。如果是生理性的囊肿，不会影响移植，因为这种囊肿的直径通常在5cm以下，不会引起体内激素水平的大幅度紊乱，因此胚胎可以很好地着床。但是如果是病理性囊肿，比如巧克力囊肿，就会影响移植，有可能会导致胚胎不能很好的在宫腔内生长发育，需要积极进行手术治疗，再考虑试管移植。