巧克力囊肿一般不会导致性障碍，这是因为巧克力囊肿是指子宫内膜生长在卵巢的地方。由于这个地方的子宫内膜随着月经周期的变化，发生脱落及被吸收，这样就会出血性的包块。这样的女性往往会有进行性加重的痛经，严重的会导致不孕。性功能障碍与多种因素有关系，涉及神经、激素、血管、解剖的异常以及药物的副反应，另外社会心理因素也起着非常重要的作用。