巧克力囊肿和子宫腺肌症哪一个严重，主要看患者的临床症状。这两个疾病都是属于子宫内膜异位症，巧克力囊肿是子宫内膜异位在卵巢上面形成了巧克力囊肿。子宫腺肌症是指子宫内膜异位到了子宫肌层，如果子宫腺肌症的患者出现月经量多有大血块，伴有贫血，并且有进行性加重的痛经，那么这种情况就比较严重。如果巧克力囊肿的患者只是有进行性加重的痛经，那么相对来说要比子宫腺肌症稍微轻一些。