停经40天没有孕囊，不一定是怀孕。如果在停经40天的过程中，进行超声检查发现没有孕囊，并且有过阴道流血的情况，那么考虑有可能是隐性流产，也就是常说的生化妊娠。如果进行血HCG的检查，可以呈(+)，但是超声并不能看到孕囊。而且通常随着阴道流血的发生，血HCG也会逐渐转为(-)。如果是在宫腔内没有看到孕囊，那么考虑也有可能是宫外孕。如果宫腔内外都没有看到孕囊，那么考虑停经40天可能是月经失调的一种表现。