肝内胆管结石是良性病变，是指结石位于肝脏实质内的胆管内，肝内胆管结石可能并发肝内胆管梗阻及感染等，通过肝脏彩超或者磁共振检查可以确诊。肝内胆管癌是恶性病变，是指肝脏实质内的胆管来源的恶性肿瘤，临床表现为肝内占位、梗阻性黄疸等，通过肝脏增强磁共振或者CT可以明确。肝内胆管结石和肝内胆管癌可以通过影像学检查可以鉴别的。