治疗细菌性阴道炎的药，主要是选择抗厌氧菌的药物，包括甲硝唑，替硝唑和克林霉素。甲硝唑能够抑制厌氧菌的生长而不影响乳酸杆菌，较为理想，治疗的药物可分为全身用药和局部用药。全身用药首选甲硝唑，也可以使用克林霉素口服，如果是局部用药，使用甲硝唑制剂，或者用克林霉素软膏阴道涂抹，伴有外阴不适者，可以联合使用中药洗剂。哺乳期者患病选择局部用药。