胆总管结石最常见的是胆色素性结石，或者以胆色素为主的混合性结石，好发于胆总管的下段。胆总管结石可以分为原发性的胆总管结石，以及继发性的胆总管结石。原发性的胆总管结石主要是与胆道感染、胆汁淤积、胆道蛔虫密切相关，原发于胆管内形成的结石。
继发性的胆管结石主要是从胆囊结石通过胆囊管脱落，进入胆总管，从而形成胆总管结石，这类结石以胆固醇性的结石多见。胆总管结石最常见的症状，包含了腹痛、黄疸、发热，如果严重的情况下还会引起感染性的休克，以及神经中枢抑制、昏迷的症状，所以胆总管结石如果引起严重的并发症，建议要尽早的手术治疗。