输尿管结石的治疗与输尿管结石的大小、结石的部位、结石的密度以及结石停留的时间有关，左输尿管结石大小≤5cm，多可采用保守支持治疗促进自行排出。输尿管结石大小＞6mm，结石自行排出的概率会随着结石的大小变化。
若输卵管位于中下段，可采取输尿管软镜钬激光碎石术，若体外冲击波可定位发现结石，也可采取体外冲击波碎石。对于输尿管上段结石，1cm左右的输尿管上段结石可采取体外冲击波碎石，若结石CT影像CT值＞1000HU，体外冲击波碎石的效果相对较差，可采用输尿管软镜钬激光碎石术。若输尿管上段结石嵌顿时间过长，引起肾脏严重积水，体外碎冲击波碎石的效果就较差了，可以直接采取输尿管软镜或腹腔镜下输尿管切开取石术。