巧克力囊肿属于子宫内膜异位症的一种，一般情况下建议可以手术治疗，手术以后为了避免复发，可以用亮丙瑞林，这种药物应用以后可以避免月经来潮，从而可以使残留的巧克力囊肿萎缩，从而起到治疗的效果。另外中成药还可以选择散结镇痛胶囊，但是中成药治疗起来周期要更长一点，一般需要半年左右才可以。如果有比较严重的疼痛症状，建议还是考虑手术加药物。