怀孕40天B超未见胚芽原因如下：1，妊娠天数短，胎儿还没有开始形成胚芽，如果无腹痛，无阴道流血，建议先随诊观察，一周后复查彩超，血孕酮，血hcg。2，怀孕四40天B超未见胎芽，伴有下腹部坠痛，阴道少量出血，不排除有胚胎停育的可能。建议去医院做孕酮检测，血hcg检测，如果确诊为胚胎停止发育，建议终止妊娠。