怀孕时查出乙肝小三阳，首先要明确一下乙肝是否有传染性，要到医院去检测一下乙肝病毒载量、肝功和肝胆脾彩超。如果乙肝病毒定量在检测线以下那么暂时不用治疗需要定期监测。如果病毒载量高，高于10的3次方以上，如果转氨酶正常，在孕第24周的时候应用抗乙肝病毒b类药物，替诺福韦和替比夫定进行乙肝母婴阻断，如果转氨酶升高，那么在孕12周进行母婴阻断，同时应用乙肝免疫球蛋白和乙肝疫苗。