卵巢子宫内膜异位囊肿其内含的陈旧血液状似巧克力液体，又称为巧克力囊肿。对于巧克力囊肿的治疗，若是较小的囊肿，可以应用药物治疗，采用性激素治疗导致患者较长时间闭经，目的是让异位的内膜萎缩退化；对于药物治疗无效，巧克力囊肿直径超过5cm者，可以采取手术治疗，可分为保留生育功能手术、保留卵巢功能手术和根治性手术。手术后亦可给予药物治疗2-3个月，降低术后复发率。