对于有巧克力囊肿的女性，往往需要考虑行腹腔镜手术将囊肿剥离。而在巧克力囊肿手术后，为了预防巧囊再次复发，所以就需要打针，常常是肌注曲普瑞林、戈舍瑞林等药物来造成女性假绝经，从而使体内异位的内膜完全萎缩坏死。这样才能够达到彻底治愈的目的，通常需要打针半年左右。在停药以后，月经就会慢慢恢复来潮，但有的女性即使打针半年，仍然可能出现巧囊复发。