当孕妇扁桃体发炎并咳嗽时，建议立即到正规医院检查，然后对症治疗。患者可以用麦冬、胖大海、甘草泡茶饮用，同时可以使用一些中药进行治疗，常用的药物有利咽灵、保安散、草珊瑚含片等。症状比较严重时，需要使用抗生素和反流药物。如果患者引起了发烧，还要用退烧药品为患者降温。平常生活中建议患者大量饮水，多吃蔬菜水果，坚持锻炼，提高身体免疫力。