偏头痛具体的发病机理，目前还不清楚。临床调查研究女性多于男性。偏头痛多在青春期发病，月经期容易发作，妊娠期或者是在绝经后期发作就会减少或者是停止，这就提示内分泌和谢因素参与了偏头痛的发病。另外癫痫疾病也会在女性的月经期发作频率升高，具体机制仍不清楚。综合两者的情况，考虑女性在月经期间内分泌激素雌激素和孕激素变化规律，导致了神经血管调节失常，引起偏头痛；雌激素可以增加发作的敏感性，达到治癫痫作用，因此月经期可以引发偏头痛和癫痫。