巧克力囊肿合并CA125升高不能根据CA125来判断巧克力囊肿是良性还是恶性的。巧克力囊肿本身是一个良性的肿瘤，往往会伴有CA125的升高。CA125是一个肿瘤标记物，除在一些上皮性的肿瘤CA125可以升高以外，在一些其他情况下也会出现CA125的升高，例如月经期怀孕时出现炎症，也会出现CA125的轻度的升高。对于巧克力囊肿来说，CA125也会有升高，但是CA125的敏感性和特异性比较低，所以不作为巧克力囊肿诊断的唯一标准，也不把它作为巧克力囊肿良恶性的区分诊断标准。因此，仅仅根据CA125升高的情况无法明确巧克力囊肿的性质，需要结合其他临床表现、影像学检查和分子生物学检查等综合判断。