有60%至70%的肝癌者，甲胎蛋白会升高。如果甲胎蛋白大于200ng/ml，超过8周，或者超过400ng/ml，持续4周以上，那么肝癌的可能性很大。除了肝癌，还有其他疾病也有可能导致甲胎蛋白升高，例如妊娠，急慢性活动性肝炎，肝硬化，睾丸癌，卵巢肿瘤，恶性畸胎瘤等。