肛门囊肿和脓肿的区别是囊肿有完整的包膜，边缘光滑整齐，与周围组织粘连少，触之光滑有弹性及囊性感，内部组织一般是豆腐渣样物质或胶胨样的物质。脓肿往往是由于细菌的感染导致的，内部是脓液。囊肿往往没有什么不适的感觉，而脓肿往往表现为表面的红肿热疼感。囊肿没有不适的感觉，可以暂时观察，如果脓肿的话需要手术切开引流。