部分患者在感染甲流后会出现咽痛的临床表现，此时可以服用抗流感的药物进行治疗。
中医认为流感属于“疫病”范畴，咽痛多由外感温热之邪熏灼肺系，郁热上熏口咽所致，治疗多以“清瘟解毒，宣肺泄热”为主，常用药物有连花清瘟胶囊。
连花清瘟胶囊以张仲景《伤寒论》麻杏石甘汤合吴鞠通《温病条辨》银翘散为基础方，卫气同治，表里双解；汲取吴又可治疫病用大黄的经验，先证用药，截断病势；配伍红景天清肺化瘀，调节免疫；广藿香芳香化湿，顾护脾胃；组方体现了两千多年中医治疗疫病的用药经验，可有效治疗甲流患者咽痛、发热、肌肉酸痛等症状。