连花清瘟对甲流引起的发热、头痛等症具有较好的治疗效果，甲流患者是可以服用的。
甲型流行性感冒是一种由甲型流感病毒引起的急性呼吸道传染病，其临床主要表现为发热或高热，伴随明显的头痛、乏力、肌肉酸痛等全身症状，以及咽干咽痛、鼻塞流涕等呼吸道症状。中医称甲型流感为时行感冒，认为其属于“时疫、温病”的范畴，病机为邪热蕴肺，卫气被郁，所以导致患者出现发热、头痛等症状。
连花清瘟胶囊的组方融汇了三朝名医治疗疫证的用药精华，以汉代张仲景《伤寒论》麻杏石甘汤清泻肺热、清代吴鞠通《温病条辨》银翘散疏散外邪、明代吴又可《温疫论》治疫证用大黄经验通腑泄热经验；创新性的加入红景天清肺化瘀，调节免疫，顾护正气，可以较好地祛邪、扶正，改善流感引发的发热、头痛等症状。