甲型流感病毒引起的头痛，可以使用抗流感的药物进行治疗，比如连花清瘟胶囊。
甲流引起的头痛，是由于流感病毒引起外周炎性物质对神经末梢的刺激而引发的疼痛，或是发热引起头部血管扩张造成的血管性头痛。常以胀痛为主，还可能伴有发热、肌肉酸痛等症状，患者可服用连花清瘟胶囊治疗。
连花清瘟胶囊是中成药，具有清瘟解毒、宣肺泄热的功效，现代药理研究证实该药物对甲型流感病毒、乙型流感病毒等多种呼吸道病毒都有抑制作用，能够有效治疗流感引起的头痛、发热、肌肉酸痛等不适症状。同时研究表明该药物还具有抑菌抗炎、调节免疫的作用，可抑制甲流引发的机体炎症反应，加快病情恢复。
此外，甲流患者还可以适当用指腹按摩头部，并保持室内定时通风换气，可辅助减轻头痛症状。