如果每天醒来都有一股棕色的痰，一般是因为胆囊炎或者是胃食管反流所致，建议在医生的指导下服用一些药物。
1、胆囊炎：胆囊炎一般是因为感染、胆汁淤积等因素所致，发病后会表现为上腹部疼痛、恶心等症状，有的人还会表现为每次醒来时口苦，且痰呈棕色，这种情况下要在医生的指导下服用消炎利胆片、硫酸阿托品注射液等。
2、胃食管反流：出现胃食道反流的主要病因是长期饮酒、过度肥胖等，出现反酸、烧心、吞咽困难等情况，有的人一觉醒来就会出现口干舌燥，且痰液呈棕色，这种情况下应该在医生指导下服用一些药物，如：奥美拉唑肠溶片、盐酸雷尼替丁胶囊等。
病人要在医生的指导下按时、按量服药，不能擅自停药或减药，同时还要忌食辣椒、大蒜、芥末等辛辣刺激的食品。