手术治疗有两种方法，一个是开颅，行囊肿切除，将囊肿脏壁层打开，切除部分囊壁，将脑的蛛网膜和囊肿内的脑脊液进行沟通。第二种方法是行蛛网膜囊肿-腹腔分流术，用分流管一端连于蛛网膜囊腔，另一端置于腹腔内，这样蛛网膜囊腔内的脑脊液流到腹腔内进行循环。