目前无法确定间质瘤的良性和恶性所占的比例。间质瘤直径超过5公分核分裂象超过5个/50高倍视野，通常在临床上判定为恶性间质瘤，或者说达到这两项标准的间质瘤容易出现转移和复发，而且恶性间质瘤对常规化疗药物不敏感，一旦复发、转移治疗非常棘手。