胃间质瘤同时具备良性特质与恶性特质，无法简单判断其良恶性。根据肿瘤的大小，将胃间质瘤区分为，低度恶性，中度恶性和高度恶性。直径为几毫米的胃间质瘤，判断为低度恶性或趋于良性，此类肿瘤往往只需定期检查。肿瘤直径达到2cm-3cm或以上为中度恶性，此时需通过手术进行治疗，以防危害生命。