由于部分肛管直肠外胚层及皮下组织的增生可导致肛乳头瘤在数目、形态及大小存在个体差异。肛乳头瘤早期症状并不是那么的明显，有少数的病人会出现排便不尽的感觉。肛门不适：初起，肛门有坠胀的感觉，有时肛门瘙痒不适，如有炎症，不仅坠胀感明显，还可因刺激而频欲排便；肛乳头长到一定程度，大便时能脱出肛外。开始大便后能自行回缩于肛内，逐渐需用手推方能缩回肛内，甚至长期脱出肛外。