在临床实践中并无“骨髓移植最怕哪一种排异”之说，骨髓移植可发生急性排异及慢性排异，二者均较严重。
1.急性排异：骨髓移植多应用于白血病，淋巴瘤和系统性红斑狼疮，治疗的原则是移植重建造血系统。因骨型和血型的不同，可有排斥反应。急性排异通常发生于骨髓移植术后百天之内，这种排异由T淋巴细胞异常引起，病人可有发热、皮疹、腹泻及黄疸等症状、消化道出血及其他病症，严重者甚至会导致器官衰竭和休克。
2.慢性排异：这种排异一般可见于骨髓移植后百天内，症状较隐匿，可无明显症状或贫血，体重减轻，容易疲劳。如未及时处理，可导致器官功能缺陷而伤及肝、脾、肺和肾。