干细胞疗法可用于治疗神经性疾病、自身免疫性疾病、妇科病、眼疾、心血管疾病等。
1、神经性疾病，如渐冻症、小脑萎缩、肌萎缩性脊柱炎等。临床研究表明，干细胞移植对多数神经系统疾病都有较好的治疗效果。
2、自身免疫性疾病，如系统性红斑狼疮、类风湿关节炎、糖尿病等。利用干细胞的免疫调节功能，重建自身免疫系统，可以有效地减轻疾病的症状。
3、妇科病：卵巢功能低下、子宫内膜受损等妇科疾病。干细胞可以让不育者当妈妈。
4、眼疾，如黄斑变性，视网膜色素变性，视神经发育不全等；临床和基础研究均证实干细胞对眼组织有修复作用。
5、心血管疾病：包括动脉粥样硬化、炎症性血管病、功能性血管病、真性血管病、急性心肌梗死等。