男孩跑步时乳头疼痛可能是由于生理现象，也可能是由于皮脂腺囊肿和男性乳腺发育症的病理现象引起，其病因和治疗方法各不相同。
治疗方法主要包括物理治疗和手术治疗。对于不合并感染且规模较小的皮脂腺囊肿，特别是在颜面部，可以采用激光治疗、电离子微创法等方法进行治疗。囊肿切除手术主要包括传统梭形切口、小切口微创摘除术等多种方法。
当囊肿发生破裂后，需要完整地摘除囊壁，以防止复发。如果发生感染并出现化脓，可能需要进行切开引流术来进行治疗。