直肠癌低位保肛手术的后遗症主要是大便次数增多以及大便失禁，如无法控制大便，稍用力即可产生排便，甚至还会出现肛门湿疹等由于肛门无法耐受肠液腐蚀所引起的症状。治疗时是否保留肛门由病情侵犯程度决定，不能强行要求病患切除或保留肛门。当肛门尚有部分功能时，可考虑保留，但不能强行保留，避免对术后生活带来不便。