腘窝囊肿手术治疗比较的好，腘窝囊肿手术方法有两种，可以取腘窝部S形切口，逐层切开，保护好胫神经，腘动脉和腘静脉，然后小心分离，显露腘窝囊肿予以完整切除就完全可以的，有的腘窝囊肿可能是与关节腔是相通的，所以需要将蒂部进行缝合结扎。可以微创手术治疗，通常可以用关节镜对腘窝囊肿进行手术切除的，切除以后的标本是需要送病理的。