乳腺萎缩一般出现于绝经期的妇女，由于雌激素水平降到了更低水平，乳腺组织丧失雌激素刺激作用。
雌激素水平下降常导致乳头溢液及乳晕水肿等症状。还可由于雌激素缺乏所致、雄激素过多所致。此外，由于长期服用避孕药，妇女体内雌激素水平升高也可导致这种现象。还有一些病因可见于乳腺癌的内分泌抗雌激素治疗，多卵巢综合征等，以及营养不良，比如厌食症、慢性疾病等。