真正由细菌、病毒等微生物造成的咽炎不多，而且急性常见，而慢性咽炎，病因很多，需仔细甄别，既有临近系统的影响如消化系统（胃食管反流）、也有全身系统如免疫系统疾病（如干燥综合症等），胃食管反流导致的反流性咽喉炎是较常见的病因，是由于食管的括约肌松弛导致胃液反流至咽喉造成。