肺部隐球菌感染的早期，多数患者无症状，少数患者可出现低热、轻咳，咳黏液痰，偶有胸膜炎症状。隐球菌感染在艾滋病人中经常广泛播散。在免疫功能严重受损的患者中，可以发生急性呼吸窘迫综合征。近年来在同时有艾滋病毒感染的病人中，更常见的表现为酷似卡氏肺囊虫感染的间质浸润。