支原体肺炎会累及重要的器官，像心脏、肺、肾脏，引起相关的器官功能衰竭。不一定会完全恢复到起病之前功能状态，遗留像慢性心脏功能不全、慢性呼吸功能衰竭，慢性肾功能不全等情况。肺部可能会继发支气管扩张，或者遗留切痕、疤痕，但是相对比较轻一点。