支气管镜检查的副作用，最常见的有出血、气胸、发热、喉痉挛、麻醉药品反应等。而术后发热是最常见的，发病率约占6%左右，可以继发肺部细菌感染、菌血症，甚至致使败血症偶有发生。操作中最常见的是喉部痉挛，是麻醉药品所致的严重并发症，常在支气管哮喘或慢性阻塞性肺部疾病患者插进时发生。严重时可能会抽搐，呼吸抑制，甚至心脏骤停。