传染期一般在1~2周左右，疱疹性咽峡炎大多是由病毒感染引起的，特别是水痘-带状疱疹病毒、单纯疱疹病毒等疱疹病毒科的病毒感染，有些腺病毒、肠道病毒、冠状病毒等也可导致疱疹性咽峡炎症状。大多数疱疹性咽峡炎在病毒感染的潜伏期到完全康复前都具有传染性，急性发作期传染性最强。有些病毒感染症状较轻且恢复较快，传染期较短，如果症状较严重且病程较长，传染期相应延长。